1、茎的结构不同：木本植物的茎部含有大量的木质，比较坚硬；草本植物的茎部为“草质茎”，比较柔软，这是草本植物和木本植物的本质区别；

2、生长周期不同：木本植物为多年生植物，草本植物则分为一年生、二年生和多年生；

3、形态不同：木本植物比草本植物高大直立，其中乔木主干明显，分枝部位比较高，灌木主干不明显，分枝靠近茎的基部，半灌木茎的基部木质化，而上部为草质，冬季枯萎；

4、生长习性不同：随着地理纬度及栽培习惯的改变，草本植物中一年生、二年生和多年生的习性会发生变化，如小麦和大麦在秋播时为二年生草本，在春播时则成为一年生草本；又如棉花及蓖麻在江浙一带为一年生草本，而在低纬度的南方可长成多年生草本。