百户和总旗的区别有官职大小不同、设立机构不同、管理人员数量不同等。

1、官职大小不同。百户大，总旗小，百户为正六品官职，总旗为正七品官职。

2、设立机构不同：百户之下，设牌子头，有时设“五十户”之职；明代军队编制五十人为总旗，十人为小旗。

3、管理人员数量不同：百户统兵120人，旗各50人，10人为小旗。