四川省农业科学院前身为1938年成立的四川省农业改进所，1964年正式建制为四川省农业科学院。

全院现设作物所、土肥所、植保所、生核所、遥感所、信息所、测试中心、园艺所、茶叶所、水稻所、经作所、蚕业所、水产所等13个研究所(中心)和实验场、服务中心两个服务机构。