南昌工程学院设有水利与生态工程学院、土木与建筑工程学院、机械与电气工程学院、信息工程学院、工商管理学院、经济贸易学院、人文与艺术学院、理学系、外国语言文学系、国际教育学院、继续教育学院、思想政治理论课教学科研部、体育教学部、军事教学部等14个教学院（系、部）。前10个为南昌工程学院十大院系！