温度与时间的设置

基于PCR原理三步骤而设置变性-退火-延伸三个温度点。在标准反应中采用三温度点法，双链DNA在90～95℃变性，再迅速冷却至40 ～60℃，引物退火并结合到靶序列上，然后快速升温至70～75℃，在Taq DNA 聚合酶的作用下，使引物链沿模板延伸。对于较短靶基因(长度为100～300bp时)可采用二温度点法， 除变性温度外、退火与延伸温度可合二为一，一般采用94℃变性，65℃左右退火与延伸(此温度Taq DNA酶仍有较高的催化活性)。

PCR反应特点

特异性强 PCR反应的特异性决定因素为：

①引物与模板DNA特异正确的结合；

②碱基配对原则；

③Taq DNA聚合酶合成反应的忠实性；

④靶基因的特异性与保守性。

操作步骤

(1)变性：双链DNA在94℃条件下，通过热变性使模板的双链DNA氢键断裂变成单链。

(2)复性：当变性温度突然降至引物Tm值(通常为35～65℃)以下时，会使引物与模板DNA互补序列杂交。由于引物一般由10～25个碱基序列，模板DNA结构远比引物分子复杂，且反应体系中引物分子的浓度又远大于模板DNA，故在退火温度时，引物与模板DNA容易结合形成互补链。

(3)延伸：在DNA聚合酶的作用下，以DNA为模板和以4种脱氧核糖核苷酸为原料，在Mg2+存在的条件下。DNA聚合酶依赖于其5'→3'的聚合酶活力，以引物结合于DNA模板链为起始点。使引物的序列得以延伸，合成模板DNA的互补链。