祁连山国家级自然保护区生态环境破坏问题突出，违法违规开发矿产资源问题严重，部分水电设施违法建设、违规运行，周边企业偷排偷放问题突出，生态环境突出问题整改不力。

祁连山区域黑河、石羊河、疏勒河等流域高强度开发水电项目，共建有水电站150余座，其中42座位于保护区内，存在违规审批、未批先建、手续不全等问题。由于在设计、建设、运行中对生态流量考虑不足，导致下游河段出现减水甚至断流现象，水生态系统遭到严重破坏。