1、操作时间不一样。珠海北站：珠海北站2009年开工建设；2011年1月7日投入使用。珠海站：珠海站建于2009年；2011年4月开工建设；2012年12月31日正式投入运营。

2、地理位置不同，珠海北站：珠海北站位于珠海市香洲区金顶镇金峰北路。珠海站：珠海站位于珠海市香洲区拱北街长生路5号。

3、不同建筑面积：珠海北站：珠海北站站厅建筑面积2500平方米，无柱雨棚结构投影面积7500多平方米。车站有两层，一层是车站大厅和设备间，一层是站台。珠海站：珠海站总建筑面积69488.44平方米。珠海站主楼四层，地下一、二层为出租站场和社会停车位。地下换乘中心有6个汽车经销商出入口。一楼有售票候车大厅，二楼有公交站台。