创新方法按照发展历程分为3个阶段。

创新方法的三阶段是系统整体论的诞生、从封闭系统到开放系统、系统的自组织性。

1、靠前阶段：系统整体论的诞生—从机械分割占据统治地位到整体性系统思维方式的形式与确立。在人们的视野中，不再简单地把世界、宇宙看成是可以任意拆卸与组装的大机器；世界是由一个由其相互作用着的各部分要素结合在一起的有机整体，这在人类的认识史上确是一个质的飞跃。

2、第二阶段：从封闭系统到开放系统。

仅仅把世界、宇宙和事物看作是系统还是不够的，还必须区分是封闭系统还是开放系统。不错从分割论或机械论模式进入到有机整体的系统模式是一个大突破，但人们开始只把系统看作是一种封闭。

3、第三阶段：系统的自组织性

“自组织是动力学原理，它是构成了生物的、经济的、社会的和文化的结构的丰富多彩的形式世界的基础。”自组织系统是指“无需外界特定指令而能自行组织、自行创生、自行演化，能够自主地从无序走向有序，形成有结构的系统。”在当前创新研究中越来越多涉及到自组织理论