两者各有千秋：

1、皖南医学院建于1958年，位于安徽省芜湖市，前身是芜湖医学专科学校，1971年并入安徽医学院为其皖南分院。1974年国务院批准独立建院。是安徽省属普通高等学校。根据2014年8月学校官网显示，该校占地面积700余亩，各类建筑面积35万平方米。设有16个教学单位，开办19个本科专业和2个专科专业，有各类在校生2、4万余人；

2、蚌埠医学院位于安徽蚌埠，是安徽省省属普通高等医学本科院校和国家首批具有学士和硕士学位授予权的单位、标准大学生创新创业实践基地和校外实践基地、安徽省高等教育自学考试护理学专业主考单位。学院创建于1958年7月，由原上海第二医学院分迁和安徽医学院援建而成。1968年8月经安徽省革委会批准改称蚌埠反修医学院。1970年11月蚌埠反修医学院更名为安徽医学院蚌埠分院。1974年6月，国务院科教组发文通知恢复蚌埠医学院。