1、性质不同：旗舰店是品牌所有者或厂家自行售卖的店铺，是官方认证的。而专卖店是只能经营一个品牌的一级授权商、分销商或代理商，是官方授权的。

2、责任不同：旗舰店是要对品牌方或厂家负责。而专卖店只需要对某一个品牌负责即可。

3、经营标准：旗舰店只需要注册商标。而专卖店除了注册商标之外，还要有经营的品牌方所出具的正规授权书。