农六师的前身是红军九十一师、新四旅和十七师，经历了长征等历史时期。1949年改编为中国人民***靠前野战军第二兵团步兵第六军十七师，随后又进行了多次整编和改编。1953年3月，驻疆部队划分为国防军与农业生产部队，该师更名为中国人民***新疆农业建设第六师，并将师部迁至五家渠。因此，农六师是以其担负的使命和实际工作性质为依据而命名的。