花甲肉的营养价值丰富，在每100克肉中含蛋白质10克、脂肪1.2克、碳水化合物2.5克，以及碘、钙、磷、铁等多种矿物质和维生素，而甲壳中则含碳酸钙、磷酸钙、硅酸镁、碘、溴盐等。现代医学研究发现，在花甲中有一种叫蛤素的物质，有抑制肿瘤生长的抗癌效应。

花甲肉以及贝类软体动物中，含一种具有降低血清胆固醇作用的代尔太7-胆固醇和24-亚甲基胆固醇，它们兼有抑制胆固醇在肝脏合成和加速排泄胆固醇的独特作用，从而使体内胆固醇下降。