中医讲究辨证治疗手足口病，对急性期出现低热或无发热，流涕咳嗽，咽红疼痛，或纳差恶心，可用“银翘散”方剂。

高热持续，口腔、手足、臀部、四肢疱疹分布稠密，可用“清瘟败毒饮”方剂。

对出现高热不退，频咳气急等并发症，可用“己椒苈黄丸合参附汤”方剂。

在疾病康复期，对于口干咽痛的孩子可在沙参麦冬汤方剂里，加生地黄、芦根养阴生津，清热润咽。

如果孩子口腔出现疱疹，则可采用西瓜霜、冰硼散、锡类散，任选1种，涂搽口腔患处。

手足疱疹严重者，可用如意金黄散、青黛散，任选1种，麻油调，敷于疱疹患处。