第一、微波食品产生致癌化合物。曾有研究表明，微波过的肉类会产生致癌物；牛奶、水果、麦片中的氨基酸也会在微波后转化为致癌物；蔬菜中的植物生物碱同样会在微波后转化成致癌物危害我们健康。有些塑料在受热的时候可能会释放出一些有害的成分。美国食品药品管理局（FDA）测定了各种塑料容器在正常微波炉加热中可能释放到食物中的有害物质的量，要求这个量低于动物实验确定的有害剂量的百分之一甚至千分之一，才可以标注为“可微波加热”。所以，对于那些标注为“可微波加热”的合格塑料容器，是相当安全的。如果不放心，还可以使用陶瓷或者玻璃容器。

第二、食物营养严重流失。微波炉烹煮的食物会使蔬菜中的矿物质、维生素及营养成分极大的减少，或转变成致癌物。

第三、身体会暗中产生一定的变化。如荷尔蒙失调，淋巴和消化系统紊乱，血液和免疫力异常，情绪低落、记忆退化，永久性脑损伤，甚至还会引发心脏病。

同时，若微波炉使用不当也会发生安全事故。最常见的以下两类事故：

1，液体过热。微波加热时由于水不流动，只是温度升高，有可能超过了沸点还“不开”，出现过热现象。这个时候的水只要有一点扰动，就会猛烈沸腾，容易发生烫伤事故。越干净的容器和越干净的水，越容易发生这样的事故。

2，鸡蛋爆炸。微波炉不能加热鸡蛋，因为鸡蛋内部过热会产生较大压力，受到到外界干扰，压力释放，可能会发生爆炸。