利用微生物的发酵工程在食品和饮料工业占据着重要的位置。

目前使用微生物生产柠檬酸可以满足全世界的需要。在欧洲与美洲，乳制品及谷物的发酵是重要的食品发酵过程，在牛乳中可发生6种主要的发酵反应。现代牛乳发酵需要接种专用的微生物。谷物制品的发酵中最重要的是面包和焙烤食品的生产。用于面包制作的酵母，通常采用菌种在糖蜜中发酵而获得。酿造工业在欧美主要生产啤酒与葡萄酒、苹果酒等，在中国主要生产白酒、酱制品、醋等。中国在蔬菜腌制中也广泛采用发酵方法。