全镇辖94个行政村和1个商业街居委会。

玉皇庙镇位于商河县西南部，距省城济南60公里。东与杨庄铺乡相邻，北与贾庄镇相连，西与临邑县的孙安、孟寺乡交界，南与济阳县唐庙乡接壤。

玉皇庙镇位于黄河冲积平原，黄河水系下游，地势西南高，东北低。东西最大距离20公里，南北最大距离14公里，面积153、49平方公里。境内主要河流有土骇河、土马河、商中河、商西河，境内流长57公里，流域面积70平方公里。

适合种植的农作物主要有小麦、玉米、地瓜、棉花、花生、大豆、瓜果、蔬菜等。<