朱见深死后，继位的是第三个儿子朱祐樘继位，是为明孝宗。1487年－1505年在位，共十八年，年号弘治。明孝宗恭俭有制、勤政爱民、信用贤臣、广开言路，在位期间“朝序清宁，民物康阜”，明朝出现中兴局面，史称“弘治中兴”。不过和大多数皇帝一样，孝宗在位后期对朝政有所懈怠，沉迷方术，使宦官李广、蒋琮等人乘机弄权，以致弘治晚年军备弛废，国用匮乏。不过总的来说，孝宗是明朝十六位皇帝里，初太祖、成祖外执政能力较强的一位皇帝，清朝曾国藩也曾高度称赞明孝宗。

作为皇三子，之所以能继承皇位，是因为宪宗的 前两位皇子，早早就过世了。朱佑樘的声母只是皇宫中一个不起眼的小宫女，广西纪姓土司的女儿，当年广西大藤峡之战，明宪宗朱见深派兵平息叛乱，俘虏了许多的瑶族女子（大太监汪直也是在这次战役中被掳来），而纪氏就是那个时候被俘入宫。朱佑樘还差还差点胎死腹中，万贵妃曾命令宫女拿着堕胎药为纪氏堕胎，万贵妃在后宫的气焰实在太过嚣张，加上纪氏人缘很好，万贵妃派来的宫女不忍心对她下手，回去之后就说纪氏肚子里长了瘤子，不是怀孕，这才保住了胎儿。

不过纪氏还是被万贵妃打入了冷宫，直到朱祐樘出生，皇帝都不知道有这么一个儿子。皇帝还在感慨自己没有儿子之时，是太监张敏告诉了皇帝，还有一个儿子住在冷宫。皇帝得知后大喜过望，第二天，朱祐樘就被立为皇太子，纪氏也被册封为淑妃，但是，不久之后，纪氏就在皇宫之后暴毙而亡，虽然史书上说她是自缢而亡，但明眼人都知道，她是被万贵妃害死的；纪氏死后，太监张敏知道万贵妃绝对不会放过他，于是吞金而亡。明宪宗朱见深对万贵妃宠爱有加，并没有追究纪氏的死因，而是不了了之；但为了防止朱祐樘被万氏所害，明宪宗将他收养于仁寿宫中，由明宪宗的生母周太后亲自抚养。虽然之后万贵妃又炮制了废黜太子的事件，但都被朱祐樘平安躲过。