1、有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；

2、分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；

3、分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；

4、促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；

5、抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。