无菌室一般是在微生物实验室内专辟一个小房间，可以用板材和玻璃建造，面积不宜过大，约4至5 平方米无菌室外要设一个缓冲间，缓冲间的门和无菌室的门不要朝向同一方向，以免气流带进杂菌。

无菌室和缓冲间都必须密闭，室内装备的换气设备必须有空气过滤装置，无菌室和缓冲间都装有紫外线灯，无菌室的紫外线灯距离工作台面 1 米，工作人员进入无菌室应穿灭过菌的服装，戴帽子，超净台其主要功能是利用空气层流装置排除工作台面上部包括微生物在内的各种微小尘埃。

通过电动装置使空气通过高效过滤器具后进入工作台面，使台面始终保持在流动无菌空气控制之下，而且在接近外部的一方有一道高速流动的气帘防止外部带菌空气进入，无菌操作技术当前不仅在微生物学研究和应用上起着举足轻重的作用，而且在许多生物技术中也被广泛应用。