魅蓝手机的系统是“Flyme”系统。Flyme是魅族基于Android操作系统为智能手机量身打造的操作系统，旨在为用户提供优秀的交互体验和贴心的在线服务。Flyme系统是魅族设计理念在软件更深层上的体现，也是魅族手机的核心竞争力之一，被魅族称为“产品的灵魂所在”。全新的Flyme5、0,基于安卓5、1深度定制，是一个更精致，更友好，更强大，更可靠的系统。2016年11月30日，魅族在北京发布Flyme6系统。