合作医疗查询的方式如下：

1、通过账户记录进行查询：参保人每年缴费时，县农保中心为参保人个人账户记录一笔个人缴费，同时为参保人记录政府给予的财政补贴。当村集体或其他组织为参保人提供补助或者资助时，由县农保中心为参保人记录补助或资助金额，每年底为参保人记录个人账户储蓄利息一次；

2、账户查询：参保人可到乡镇劳动保障事务所打印新农保个人账户明细表或登陆社会保障网站查询和下载本人的个人账户记账明细等相关信息，也可通过电话查询系统查询相关的信息。