主要港口如下：

1、蒙巴萨港，不仅是肯尼亚最大的港口，也是东非最大的港口。早在3000年之前，这里就是重要的贸易口岸，东部非洲肯尼亚、乌干达、卢旺达、苏丹等货运都经过此地，该港口岸线长达2324米，最大水深可达13.4米，每年蒙巴萨港口进出口集装箱数量约15万~到20万TEU；

2、拉穆,肯尼亚第二大港口，最大吃水深度6.71米，该港口靠近大陆，适合停泊中等吃水的船只，驳船最大的载运量为60吨；

3、马林迪港是桑给巴尔地区的中号港口，目前马林迪港每天处理的集装箱数量约为60个，年处理量约为20万；

4、万加港口的代码为KEAGA。