三板市场起源于2001年“代办股权转让系统”，最早承接两网公司和沪深交易所退市公司，称为“旧三板”。2019年全国中小企业股份转让系统正式揭牌，该系统上线后为“旧三板”业务设置了单独交易板块，并被称为两网及退市公司股份转让业务。
2019年中国证监会批复同意中关村科技园区非上市股份有限公司也可以进入代办股份转让系统进行股份报价转让试点。因为挂牌企业均为高科技企业而不同于原转让系统内的退市企业及原STAQ、NET系统挂牌公司，故形象地成为“新三板”。2019年全国中小企业股份转让系统正式揭牌，该系统上线后原先的“新三板”业务被称为股转系统挂牌公司股份转让业务。 全国中小企业股份转让系统（简称“全国股转系统”，俗称“新三板”）是经国务院批准，依据证券法设立的继上交所、深交所之后第三家全国性证券交易场所，也是我国第一家公司制运营的证券交易场所。
新三板及老三板股票是通过股转系统进行转让。