两个短语的区别是：who are you意思是：你是谁

what are you意思是：你做什么工作。这两个短语都是由特殊疑问代词who what引导的特殊疑句。例如：Who are you and where are you frm?你是谁

来自哪里

What are you going to there?你去哪里干什么

这就是两个短语的不同与区别。