结构域(domain)是位于超二级结构和三级结构间的一个层次。结构域是在蛋白质的三级结构内的独立折叠单元，通常都是几个超二级结构单元的组合。在较大的蛋白质分子中，由于多肽链上相邻的超二级结构紧密联系，进一步折叠形成一个或多个相对独立的致密三维实体，即结构域。

结构域是指在二级结构的基础上肽链进一步进行三维空间卷曲折叠所形成的近球形的肽链结构实体。它可以作为蛋白质三级结构的组件。生理上不具有任何生理功能，这也是与三级结构的关键区别。打个比方，结构域就像是一座桥连接二级与三级结构。