蓝藻爆发的原因是湖泊发生富营养化，过量的养分所导致，比如化肥流失，化肥是很多湖泊发生富营养化区域的主要养分来源，蓝藻爆发会引起水质的恶化，严重时还会耗尽水中的氧气而造成鱼类死亡。

治理蓝藻方法：

1、彻底清塘消毒并加注不带蓝藻的新鲜水

由于蓝藻比其它藻类具有更强的竞争力，因此控制措施以预防为主，防重于治。彻底清塘消毒可有效减少蓝藻种子，压低基数，减少大规模发生的可能。避免随加水带入蓝藻，对控制蓝藻爆发也有积极意义。

2、定期换新鲜水

经常大量地换新鲜水可稀释蓝藻的浓度，同时也稀释了蓝藻分泌的毒物浓度，可促进其它藻类的生长和保持整个生态系统的动态平衡。

3、杀灭蓝藻

当蓝藻大量发生时，可选用安全性高的杀藻剂局部杀藻。在晴天中午，由于蓝藻的强趋光性均集中在水体表面，此时停开增氧机两个小时泼洒针对性药物如漂白粉或安全性高的专杀蓝藻产品，其迅速与蓝藻接触而杀灭之，同时又保护了中下层的绿藻和硅藻；傍晚增氧产品增加水体的通透性，补充池塘中下层溶氧，可避免溶氧降低的危害。两天后重新培养藻类。

4、放养一定数量的滤食性鱼类