首先从学校的性质来说，南航是公办的国家211大学，本三都是民办的，属于贵族学校。其次从学历的含金量上说，南航的自考本科的含金量低于统招的本一的，但是肯定高于民办的本二的（说明一下目前全中国已经没有本三了，只有民办的本二，有能力的三本升为二本，没能力的就倒闭）。最后从学费待遇上说，众所周知 公办的学校收费标准都是按照国家标准来的，民办的学校就是看学校情况，财务赤字就找明目让学生交钱，经理过的都懂。
这是我个人的理解，仅供参考，另外说一点，不管是高中过来读本科的还是专科过来升本的，都不建议去南航，前几年还可以，现在越来越不行了，学费每年要两万多，住宿距离学校十几公里远，说实在的，早晨起晚点赶到学校都放学了。不在乎这些的那就随你们。