慕斯卡的飞船追上并俘获了海盗，巴鲁和希达则因巧合通过小滑翔翼提前到了拉普达。慕斯卡带着军队和俘获的海盗们随后赶到，希达也不幸被抓。慕斯卡单独带着希达打开并进入了天空之城拉普达的中心控制室。他通过拉普达的力量消灭了跟随的军队，企图独占拉普达。

巴鲁与慕斯卡斗智斗勇，先解救了海盗，然后前去营救希达。面对慕斯卡冰冷的枪口，无依无助的两人最终念出了令拉普达毁灭的咒语。

于是慕斯卡和他的阴谋随着整个拉普达城化为了灰烬。天空之城只剩下了中间的那棵承载着整座天空之城的大树还飘在空中。挂在了树根上的巴斯和希达苏醒后找到来时用的滑翔翼离开了拉普达。他们追上了海盗们，大家相互欢庆，相互祝福。