白礁慈济宫始建于南宋，历代屡次扩大规模兼重修，形成了规模庞大的宫庙建筑群，整座祖宫恢宏壮丽，独具一格，还遗存有宋代盘龙柱，被誉为“闽南故宫”。

在白礁慈济宫三公里处，便是青礁慈济宫，由于两地都坚称自家宫庙是真正的祖庙，因此这里也被称之为“东宫”，白礁则是“西宫”。

1996年之时，国务院则将两处一视同仁，以“青、白礁慈济宫”之名全部列入全国重点文物保护单位。