1、从属不同：牡蛎的种类有很多，生蚝是其中的一种，可以说生蚝是牡蛎，却不能说牡蛎是生蚝，两者是从属关系，是生蚝从属于牡蛎。

2、个头不同：生蚝的个头较大，大生蚝加上可重量可以达到一斤多；而其他品种的牡蛎的个头很小，有成人的一小节拇指那么大。

3、生长环境不同：生蚝一般生活在比较少见的江河和大海的交汇处，在半咸半淡的内湾浅海上，由于生长环境有所限制，所以产量很少；而牡蛎在我国自渤海、黄海至南沙群岛均产，约有20种。

4、肉质颜色不同：生蚝的肉质是乳白色的；而有些品种的牡蛎肉质是淡青色的。

5、含锌量不同：生蚝的含锌量很高，每一百克的含锌量为71.2毫克，比牡蛎高出了七八倍，被称为“海里的牛奶”。

由于生蚝是牡蛎种类中的一种，因此，牡蛎哪些部位不能吃，生蚝是一样的，牡蛎的食用禁忌和生蚝也是一样的。