1、车站性质不同杭州东站(高铁站、枢纽站、换乘站)、杭州站(客货站、高铁站、莆田站)；

2、位置不同：杭州站在上城区环城东路1号，江干区天成路1号杭州东站；

3、时间不同：杭州火车站是一个有百年历史的老火车站。杭州东站是一个新车站，号称亚洲最大，动车组列车居多，主要在沪杭、杭宁、杭甬高铁线上。