1、自来也在《火影忍者第353集 自来也豪杰物语被佩恩六道杀死。

2、 自来也得知“晓”首领佩恩及成员小南的真正身份，原来是自己第二次忍界大战末期在雨忍村所收的徒弟。

3、从前大蛤蟆仙人亦曾对自来也预言他会收一个独当一面的孩子为徒，而这孩子会为忍界未来带来空前的和平或毁灭，总会一天他就被迫要作出“选择”他的选择会将世界引向和平或者毁灭。

4、初时自来也以为眼前的佩恩，就是预言中的变革者，作出“选择”的时刻也已经到了。

5、故一场师徒之战一触即发。

6、自来也使出仙人模式，召来两位蛤蟆仙人（深作及志麻大人）相助，成功打败了佩恩三道，但因之后自身大意以及不了解佩恩六道的相关情报，所以不幸被打败而亡。

7、但临死前自己查出了佩恩六道及其本体的秘密（都是自己曾经遇到的忍者，六道均为尸体傀儡，受长门操控）。

8、 自来也临死前回忆起跟波风水门及漩涡奇奈的对话，水门从自来也著作《毅力忍传》中为他们的儿子取名字曰鸣人。

9、自来也又回忆起自己一生失败之事，并省悟出鸣人才是预言中的“预言之子”（后经大蛤蟆仙人亲自证实，长门和鸣人都是预言之子），因鸣人也正有那种绝不轻易放弃的毅力。

10、在千钧一发之际，自来也把关于佩恩的情报用指刻封印写在深作仙人的背上托其带回木叶村。

11、佩恩五道也向自来也扑去，最后被佩恩五道打入水底，而蛤蟆仙人深作则成功逃回木叶。

12、 但之后的第四次忍界大战中，药师兜一直没能找到自来也和宇智波止水的尸体，故没有被秽土转生。