1、性质不同；2、提出的法定条件不同；3、处理程序不同。两者都要按照一定的法律程序提出；被质询和询问的国家机关，都要在人民代表大会会议或人大常委会会议期间作出答复或说明，提供有关资料，不得拒绝接受质询或询问。

1、性质不同

质询必须以质询案的形式提出，属于议案的一种，针对国家行政、审判、检察机关工作中比较重大的问题并要求作出答复，带有批评性和强制性。

而询问只具有介绍、说明的性质，帮助人大代表或常委会组成人员了解有关报告或议案的情况，以便于审议和表决，不具有议案的性质。

2、提出的法定条件不同

在全国人民代表大会开会期间，一个代表团或30名以上代表联名；在全国人大常委会开会期间，常委会组成人员10人以上联名；在地方各级人民代表大会举行会议的时候，代表10人以上联名；在地方各级人大常委会会议期间，省、自治区、直辖市、自治州、设区的市的人大常委会组成人员5人以上联名，县级人大常委会组成人员3人以上联名，可以提出对“一府两院”的质询案。

质询案必须以书面形式提出，必须写明质询的对象、问题和内容，即必须写明质询是针对政府或者政府的哪个部门、法院或者检察院提出的；必须写明质询什么事情和为什么质询。而提出询问则没有人数方面的规定，也没有要求必须以书面形式提出。

3、处理程序不同

质询案的处理程序比较复杂。它要由主席团或委员长会议，或主任会议决定，是由受质询机关书面答复，还是在有关的会议上口头答复。如因提出质询的问题比较复杂，确实难以在本次会议期间作出答复的，主席团，或者委员长会议，或者主任会议经征求提出质询案的代表同意，也可以决定由被质询机关在人大闭会期间提出书面答复或者在有关的会议上答复。在代表大会期间，在主席团会议或者专门委员会会议上答复的，提质询案的代表团团长或者提质询案的代表可以列席会议，发表意见