1、传统的做法是先将纳豆与酱油或日本芥末(一般百货商店出售的盒装纳豆使用日本淡酱油和黄芥末)混合，搅拌至出现丝状物，盛在白米上，为纳豆饭。也有人将纳豆与生鸡蛋、洋葱、莲子、萝卜、柴火等食材混合。

2、北海道和东北有时会把纳豆和糖混在一起。用蛋黄酱吃也有创意。如果不搅拌就加酱，水太多，粘度会降低。洋葱和芥末可以抑制“纳豆氨”的刺鼻气味。不习惯吃纳豆的以为是烂煮黄豆。