按照部门“三定”方案，农业农村部门负责农村宅基地改革和管理有关工作；自然资源部门负责土地等国土空间用途转用、土地整理复垦、不动产统一确权登记、拟订国土空间规划并监督实施等工作。

具体工作中，村庄规划、土地利用年度计划、乡村建设规划许可、房地一体的宅基地使用权确权登记颁证等工作由自然资源部门负责，宅基地的管理、改革、利用、调查、监管等工作由农业农村部门负责。