20世纪开始现代遗传学进入了一个快速发展的时期，这时人们已经认识到生物性状的遗传由基因决定，而染色体又是作为基因的载体，整体遗传给后代。基因的数目往往很多，而染色体的数量毕竟有限，当人们想把许多基因定位到染色体上，去构建这么一个染色体的模型的时候，遗传图谱就在这样的背景下应运而生了，遗传图当时也被称为染色体图——是构建能显示基因以及其他序列特征在染色体上的位置的图。

在生物的体细胞中，控制同一性状的遗传因子成对存在，不相融合；在形成配子时，成对的遗传因子发生分离，分离后的遗传因子分别进入不同的配子中，随配子遗传给后代。

当具有两对（或更多对）相对性状的亲本进行杂交，在子一代产生配子时，成对的遗传因子分离，非成对的遗传因子自由组合，彼此互不干扰，各自独立分配到配子中，随配子遗传给后代。

细胞在进行减数分裂形成配子时，位于同一条染色体上的不同基因，常常连在一起进入配子；在减数分裂形成四分体时，位于同源染色体上的等位基因有时会随着非姐妹染色单体的交换而发生交换，因而产生了基因的重组。

通过估算位点之间的重组率来估测不同标记在染色体上的相对位置或线性排列图。

在细胞减数分裂时，非同源染色体上的基因相互独立、自由组合，同源染色体上的基因产生交换与重组，交换的频率随基因间距离的增加而增大。位于同一染色体上的基因在遗传过程中一般倾向于维系在一起，而表现为基因连锁。它们之间的重组是通过一对同源染色体的两个非姊妹染色单体之间的交换来实现的。

概念：指同源染色体的非姊妹染色单体间有关基因的染色体片段发生交换的频率。

重组率r=0时，完全连锁

重组率r<0.5时，不完全连锁

重组率r=0.5时，不连锁

概念：LOD=Logofthelikelihoododdsratio，估计值在观察结果中出现的这种概率的可能性。

用来反映重组率估计值的可靠性程度或作为连锁是否真实存在的一种判断尺度。

计算公式：LOD=Log10(L(r)/L(0.5))

重组率的高低取决于交换的频率，而两对基因之间的交换频率取决于它们之间的直线距离。因此重组率可用来表示基因间的遗传距离，遗传距离单位用厘摩（centi-Morgan，cM）表示，1cM的大小大致符合1%的重组率。

考虑的几个因素

亲本的选配

分离群体类型的选择（CP、F2、RIS、BC1、DH…….）

群体大小的确定

连锁分析本质上就是检测亲本在减数分裂过程中两个位点间发生的重组事件。

计算标记间的重组率和LOD值

将标记划分到不同的连锁群

确定标记在连锁群上的排列顺序

计算标记间的遗传距离