日本京都和东京的区别大致有：地理位置不同、地形特征不同、气候特征不同。

京都盆地位于34°58'36.1"N—135°43'59.3"E，位于日本中部，临近大阪、奈良和神户，区域优势明显。京都市的市区大部分地区都位于京都盆地之内，京都市除南方之外三面环山，总面积827.90平方公里。

东京都属于关东地方的一角，位于关东平原南端，面向东京湾，大致位于日本列岛中心。东部以江户川为界与千叶县连接，西部以山地为界与山梨县连接，南部以多摩川为界与神奈川县连接，北部与埼玉县连接。总面积2155平方千米，城市中心坐标为北纬35°69′—东经139°69′。

京都盆地东部也因其地势较高且较为干燥适宜居住，成为京都市内最早开发的地区。京都市东南部的山科区和伏见区的醍醐地区则位于山科盆地，其和京都盆地之间由清水山、稻荷山等山峰隔开。京都市的北部地区则多为山地，其中较为知名的有大文字山、比睿山、岚山等。

东京23个特别区和多摩地域形成了一个狭长的地带，东西宽90千米，南北长25千米。在太平洋上的伊豆诸岛和小笠原诸岛，尽管地理上与东京都分离。也属于东京都行政区划的一部分。

京都属于柯本气候分类法下的副热带湿润气候（在日本则被归类为同时属于濑户内海式气候及内陆性气候），其特征为四季的气温及降雨量变化相当显著。加上京都位于盆地，让这一特征体现得更为明显。京都夏天炎热且潮湿，相对地，冬天则较为寒冷且偶尔会下雪。

东京属于亚热带季风气候，中心部分的年平均气温为15.6℃。四季分明，降水充沛。夏季受东南季风影响，降水较多。冬季则降雪较少。