细胞核有无。真核生物有双层膜包围的细胞核，原核生物只有DNA分子集中的核区或称拟核，无膜包裹。细胞壁成分。真核生物有以纤维素和果胶质为主的细胞壁（植物），以葡聚糖和甘露聚糖为主的细胞壁（酵母），以几丁质为主的细胞壁（多细胞真菌）或无细胞壁（动物、黏菌），原核生物有肽聚糖为主的细胞壁（细菌、放线菌）或无细胞壁（支原体）。细胞膜成分。

真核生物细胞膜含固醇，原核生物除支原体外细胞膜中均无固醇。DNA形态。真核生物基因组DNA为线性，分裂间期为30nm螺线管，分裂期高度盘绕成染色体。原核生物基因组为一高度盘绕的环状超螺旋DNA。DNA结合蛋白。真核生物DNA与组蛋白结合，形成核小体结构。原核生物DNA***。基因结构。真核生物基因中存在大量内含子等非编码区。原核生物无。