绿色百香果和红色百香果的区别在于品种上、果实上。

品种上：绿皮的百香果，长势旺盛，开花多、产量高，抗病能力强但是它不耐寒，被霜冻过后就会冻死。红皮的百香果可以耐寒耐热，但是抗病性弱，长势也弱，产量低。

果实上：绿皮的黄金百香果在成熟时果皮是亮黄色的，果形是圆形，比较大，上面有明显的星状斑点，单果重80－100克。果汁含量比较高，可以达到45%，它的果肉特别的饱满，吃起来很甜。红皮的百香果是鸡蛋形的形状，比较小，有不明显的星状斑点，一只果一般重40－60克，果汁的香味较浓，适合鲜食，果汁含量比较低，平均30%。没有绿皮百香果甜。