结构上，核孔复合体主要由蛋白质构成；功能上，核孔复合体可以看做是一种特殊的跨膜运输蛋白复合体，并且是一个双功能、双向性的亲水性核质交换通道。核孔是细胞核和细胞质之间大部分物质交换的通道，如信使RNA可能通过核孔进入细胞质中。

核孔的数目也因细胞种类及代谢状况不同而有差别，转录活性低或***录的细胞中，核孔数目少。