港航局是机关行政单位，享受事业单位编制待遇。隶属于港航管理局，具体工作主要是编制全市航道发展、港口布局、水路交通建设、水路运输发展规划，编制全市水路交通建设、养护、稽征、运政、港政、海事、船检等年度计划草案，承担规划、计划的实施以及监督、检查和指导工作。

港航局的主要职责：贯彻执行有关港口、航运工作的法律、法规、规章和方针、政策；结合本市实际，研究起草港口和航运工作的地方性法规、规章草案和政策，制定港章，并组织实施有关法规、规章和政策。根据国家和地方对港口发展的战略要求和本市城市总体规划，编制上海港口（含洋山新港区）的总体规划；依据有关法律、法规和规章的规定，对港口的岸线、陆域、水域实施行政管理。