安徽建筑的土木要好一些，建筑类的强势学科就是土木工程。考研就要看实力了，就业的话这个不好说，一方面更大学期间的学习成绩和个人综合素质有关，另外，跟学校的关系也蛮大的。这两所大学里在土木和建筑类的方向的就业我觉得还是建筑大学要好于工业大学。首先，安徽工业大学起于马鞍山钢铁学院，所以钢铁类，材料类，冶金类专业好于安徽建筑，强势学科不在建筑类。

其次，地处马鞍山，地理位置上不如安徽建筑（在合肥市）。

再次，虽然安工大的整体实力好于安徽建筑，但是对于一个普通二本学生来说，强势学科更重要。所以，可以肯定的说，安徽建筑的土木工程一定是好于安徽工业的。