酵母菌以无氧呼吸为主，有氧呼吸为辅，是兼性厌氧型微生物。

酵母菌在有氧或无氧的条件下均能生长，但以不同的氧化方式获得能量。在有氧时进行有氧呼吸，在缺氧时进行乙醇发酵。由于有氧呼吸比发酵产能多，因此酵母菌利用等量能源物质，在有氧环境中生长得到的细胞产量比缺氧时高得多。如果向发酵葡萄糖的酵母菌悬液中通入氧，发酵过程即减慢，乙醇产生停止，葡萄糖的消耗量明显下降。因此利用酵母菌生长酒精、啤酒时要采取隔绝或排出氧的措施，而生产大量酵母细胞则应进行通气培养。