1、商住两用房无法迁入户口，这就意味着即使周边区域内有好的教育资源，子女因户口不能迁入也无法就近入学。

2、没有完备的生活配套服务设施。商业项目一般不强制性要求设计配套服务设施，例如学校、商业、居委会等，也就是说没有配套的幼儿园、学校，也没有配套的医疗、养老服务等。这样就会给购买后的日常生活带来诸多不便。

3、按揭贷款实行商业用房标准。商住两用房首付50%，贷款利率为普通住宅的1.1倍，贷款年限最多为10年，并且不能用住房公积金贷款。

4、购买时不实行税费优惠的政策。普通住宅购房时有许多优惠的税费政策，但购买商住两用房时没有相应的税费优惠政策。