名侦探工藤新一，在追踪黑衣人组织的时候，被喂下了药剂变成了一个小孩子，改名为江户川柯南，寄住在毛利小五郎家中。《名侦探柯南》的主线一直都是寻找这个神秘的组织，并将其绳之于法。

故事一直在主线和独立案件中相互穿插，就是每一阶段都会有一个案件故事，需要柯南去破案，通过柯南去破解这些案件寻找到真凶，这是众多独立故事堆叠而成的动漫，然后串联主线案件去寻找神秘组织。