主要区别有：

1、商调函是指没有隶属关系的地区、部门或国有单位之间为了人才流动而互致的公文；调档函是指人力资源的流动手续的一种，表示调入单位向拟调入人当前所在单位发出的调阅个人人事档案的函件。

2、下级单位向上级单位调动档案是商调函，平级单位之间调动档案是调档函。

3、人才市场之间调动一般统一使用商调函，只有国家事业单位之间调动才用调档函。