主要有以下区别：

1、“舍本逐末”多指处理事情，“本末倒置”多指评论事理；

2、“舍本逐末”作定语时，一般都用办法、方法、措施、做法等为中心词。“本末倒置”作定语时，一般都用说法、结论、提法等作中心词；

3、“舍本逐末”作谓语时，主语多指一事件，一种做法。“本末倒置”作谓语时，主语多指一种理论，一种说法；

4、"本末倒置"是指把主次的位置颠倒，"舍本逐末"指丢掉主要的，追求次要的。