1、运作方式不同：京东自营旗舰店是指京东自己的店铺，而官方旗舰店是品牌方入驻在京东的店铺。

2、意义不同：京东自营旗舰店售卖的商品是从各个品牌进货得来的，而官方旗舰店售卖的是自己生产的商品。

3、快递不同：京东自营旗舰店使用的是京东快递，而官方旗舰店使用的是第三方快递。