《本草经集注》是南北朝梁代陶弘景写的。这本书是南北朝时期全面整理注释《神农本草经》的著作，历代无刊本，仅存隋唐时期写本残卷2种。本书摒弃了《神农本草经》按上、中、下三品类分药物的方法，首次采用按药物在自然界的来源及属性分为六类，即玉石类、草类、木类、虫兽类、果菜类、米食类(以上共收药物551种)，另外179种药物，因陶氏已不详其品种，均列于“有名未用”类。

南北朝梁代陶弘景所编著于（约公元480－498年前）。陶氏认为《本经》自“魏晋以来，吴普、李当之等更复损益，或五百九十五，或四百四十一，或三百一十九，或三品混揉，冷热交错，草石不分，虫兽无辨，且所主治，互有得失，医家不能备见”等问题，于是给予整理、作注。

又从《名医别录》中选取365种药与《本经》合编，用红、黑二色分别写《本经》与《别录》的内容，名之为《本草经集注》。本书原书已佚，现仅存有敦煌石室所藏的残本。但原书中的主要内容，还可从《证类本草》和《本草纲目》之中见到。

这本书首创按药物自然属性分类的方法。对药物的形态、行为、产地、采制、剂量、真伪等作了较为详尽的论述。强调产地和采制方法与疗效的密切关系，首创“诸病通用药”。如：治风通用防风、防己、秦九、川芎等。考定了古今用药的度量衡，规定了汤、酒、膏、丸的制作规范。初步确立了综合性本草著作的编写模式。