员工擅自离岗的，用人单位应当首先发出书面通知，限制员工在规定期限内返回公司。其次，当员工擅自离岗达到辞退标准时，用人单位应当以书面形式向该员工送达辞职通知，通知其前来办理交接和离职手续。另外，如果该员工由于擅自离岗，给用人单位造成损失的，用人单位可以申请仲裁，向劳动者要求赔偿。

法律依据：《劳动合同法》第九十条：劳动部《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》第十八条规定，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。工资是用人单位依据劳动合同的规定，以各种形式支付给劳动者的工资报酬，按劳动部《工资支付暂行规定》第九条规定，用人单位应当按劳动者出勤结清工资。